DESARROLLO Y VALIDACIÓN DE NUEVAS SONDAS DE PCR A TIEMPO REAL PARA LA DETECCIÓN DE Phytophthora spp. EN CARRASCALES MEDITERRÁNEOS

Autores UPV
Año
CONGRESO DESARROLLO Y VALIDACIÓN DE NUEVAS SONDAS DE PCR A TIEMPO REAL PARA LA DETECCIÓN DE Phytophthora spp. EN CARRASCALES MEDITERRÁNEOS

Abstract

El decaimiento y muerte de Quercus ilex, fenómeno habitualmente denominado ¿seca de la encina¿, es el principal problema fitosanitario de esta especie forestal. Durante décadas, este decaimiento se ha asociado a Phytophthora cinnamomi en suelos silíceos en el Suroeste español. Sin embargo, otras especies del mismo género como P. quercina y P. psychrophila se han asociado al decaimiento de Quercus en el Este de la Península, donde predominan los sustratos básicos. Los problemas ambientales y económicos crecientes asociados a Phytophthora spp. en ecosistemas naturales ponen de manifiesto la necesidad de desarrollar métodos eficaces y rápidos capaces de detectar estos patógenos. Con este objetivo, se han diseñado nuevas sondas de PCR a tiempo real para la detección de P. quercina y una especie de Phytophthora no cultivada, asociada a la presencia de carrascas sintomáticas, que se ha denominado de forma provisional como P. taxon ballota. La especificidad de las sondas se ha testado con ADNs de cultivos puros, y se han aplicado en muestras ambientales de suelos y raíces. La mayoría de las muestras analizadas procedentes de árboles sintomáticos resultaron positivas para una o ambas especies. Para la validación de los resultados, se ha pirosecuenciado de forma individual cada una de las muestras ambientales estudiadas. Los resultados revelaron una alta correlación entre los valores de corte (CT) en la PCR a tiempo real y el número de secuencias generadas por pirosecuenciación. Ambas técnicas mostraron una elevada sensibilidad en la detección. Sin embargo, en ciertas situaciones observadas en los resultados de PCR a tiempo real, como la presencia de curvas exponenciales tardías o la producción de un incremento no exponencial de la fluorescencia, la secuenciación masiva resultó de especial interés para confirmar la presencia/ausencia de las especies de Phytophthora en las muestras ambientales analizadas. Las nuevas sondas desarrolladas podrán utilizarse en el estudio de la implicación de Phytophthora spp. asociadas al decaimiento de Quercus en carrascales mediterráneos. Esta investigación ha sido financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación (AGL2011-30748-C01).