Explora I+D+i UPV

Volver atrás Proyecto

Del Big Data a la mejora: salvando la última milla en el uso de los datos genómicos

Instituto Universitario de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana

Compartir
Año de inicio

2024

Organismo financiador

AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACION

Tipo de proyecto

INV. COMPETITIVA PROYECTOS

Responsable científico

Blanca Postigo José Miguel

Resumen

La extracción eficiente de conocimiento a partir de datos genómicos y fenotípicos se ha convertido en uno de los factores que limitan la mejora genética general y, por lo tanto, en uno de los retos a superar para lograr una agricultura sostenible y más respetuosa. Las nuevas tecnologías ómicas permiten a los investigadores generar ingentes cantidades de datos. La mayoría de herramientas diseñadas para tratar y hacer inferencias estadísticas con estos datos están programadas principalmente en Python y R o pueden utilizarse sólo en sistemas operativos Linux. Por lo tanto, pocos investigadores especializados en genética y mejora son capaces de utilizarlas con facilidad; pero sólo la facilidad de uso permitirá al investigador una comprensión profunda de los patrones y las estructuras subyacentes en los datos obtenidos. Podría plantearse como solución la colaboración entre informáticos y genetistas, pero la adquisición de conocimiento requiere de un uso sencillo y habitual de los datos, por parte de los expertos en la materia, que no puede conseguirse sin la creación de infraestructura que permita este uso. Tecnologías como WebAssembly representan un camino a explorar para enfrentarse a estos retos ya que son capaces de aunar el uso de Python y R en un entorno absolutamente familiar, la web. De este modo los investigadores podrán realizar sus propios análisis utilizando las mejores herramientas disponibles, pero de un modo sencillo, en una página web, y en sus propios ordenadores sin necesidad de instalar ni mantener ningún software especializado. Estas herramientas serán creadas en un marco de colaboración con investigadores especializados en la genética del trigo panadero. Parte de esta colaboración consistirá en analizar datos de genotipado y de RNASeq para analizar la genética de los genes relacionados con la calidad del trigo.