DeepLesionBrain es un pipeline para segmentar automáticamente lesiones de sustancia blanca a partir de datos de MRI (T1w + FLAIR). Obtiene volúmenes cerebrales MRI anonimizados en formato NIFTI y produce un informe pdf con los volúmenes de las lesiones y sus ubicaciones. Además, DeepLesionBrain ofrece parcelación cerebral y análisis de desconexión.
Protocolo de etiquetado
Las lesiones de sustancia blanca fueron perfiladas manualmente por un radiólogo experto utilizando datos de RM multimodal (T1w + FLAIR) para crear una biblioteca de 43 casos. Tras el proceso de segmentación, las lesiones se clasifican en función de su localización como periventriculares, blancas profundas, yuxtacorticales e infratentoriales. Tras el inpainting de las lesiones, la RM T1w se segmenta mediante AssemblyNet. Por último, las lesiones detectadas se utilizan para estimar un mapa de desconexión basado en el atlas HCP1065.
Una vez finalizado el proceso, se le notificará por correo electrónico para que pueda descargar un paquete que incluye algunos archivos de imagen y dos informes (CSV y PDF) que ofrecen todos los volúmenes estimados a partir de las segmentaciones. Como puede ver en la figura inferior, el PDF incluye la información del paciente, los tipos de lesión, sus volúmenes y ubicaciones en el espacio MNI. Además, se proporcionan los volúmenes de 132 estructuras cerebrales basados en la segmentación AssemblyNet. Por último, DeepLesionBrain proporciona la probabilidad de desconexión causada por las lesiones detectadas para 64 tractos de materia blanca. También incluye varias instantáneas de los distintos pasos de etiquetado como control de calidad.
Más información:
https://www.volbrain.net/services/DeepLesionBrain
